早在四、五千年前，辉南地区已有人类活动。西周至秦汉之际，辉发河流域已发现比较密集的古代村落。

　　早在四、五千年前，辉南地区已有人类活动。西周至秦汉之际，辉发河流域已发现比较密集的古代村落。1636年满族建立大清国，为保护清朝发祥地，防治满族“废骑射以效汉俗”，在东北修建封禁型柳条边，辉南一带为清制定的鲜围封禁区。1860年废除封禁，实行移民实边，招民放荒，从事开垦。当时沙皇俄国侵入东三省，并强行在吉林林区进行林木采伐，掠夺森林资源。1905年后，日本势力侵入，借《吉黑林矿借款条约》，有组织、有计划、大量掠夺吉林省的森林资源，辉南林区森林资源遭到有史以来最严重的破坏。1948年东北解放后，成立辉南森林抚育采伐大队，1962年建立辉南森林经营局。
　　1990年，吉林省辉南森林经营局根据龙湾林区的自然景观和自然资源得天独厚的自然条件，为保护好龙湾景观区的自然资源和自然环境，防止人为活动的不良影响，保护自然生态系统，防止珍贵稀有物种灭绝，向辉南县政府、通化市政府、省政府及省环保局与林业厅，上报关于建立龙湾自然保护区的请示，1991年经省人民政府批准建立省级自然保护区。保护区位于辉南县东南部，辉南森林经营局辖区内，包括金川、红旗、榆树岔林场及金川经营所的46个林班，总面积为8102公顷。根据吉林省人民政府1991[127]号文件精神，在1992年组建吉林龙湾自然保护区管理处（科级），下设二个管理区，保护区工作人员为60人，由辉南森林经营局代管。该保护区主要以自然资源、自然景观的保护为主，进行探索提高森林质量的研究和长白山珍稀动植物引种驯化工作。保护区建立以来多次聘请省内外生态、地质、地理、生物和自然保护等方面的专家进行科学考察，积累了一些基础资料。同时与国内有关的科研单位完成了多项火山地质、湿地方面的研究课题。在保护区建立的10余年中，虽周边地区人口人为活动强度明显增加，但保护区的自然风光、湿地和森林等重要生态系统的生态结构没有受到任何损害，多次受到省政府、国家林业局、林业厅的嘉奖。
　　进入二十一世纪后，随着国家经济的迅猛发展，经济实力的增强，人民生活水平的提升，生态环境成为制约我国经济可持续发展的关键问题。为此，国家林业局提出了今后林业建设的六大工程，野生动植物保护及自然保护区建设工程是这其中之一。我国政府把生态环境建设和自然资源保护作为实施可持续发展的一项重要战略任务。把野生动物及其栖息地和生物多样性资源的保护作为生态环境保护和建设的一个重要组成部分，自然保护区建设由此进入了大有作为的发展阶段。基于此，吉林省林业厅、辉南森林经营局在2000年提出建立吉林龙湾国家级自然保护区的设想，并于2000年—2001年与东北师范大学地理系和生物系、吉林林科院和林业勘察设计研究院共同完成吉林龙湾自然保护区科学考察报告，重新划定保护区保护范围，2002年完成国家级自然保护区的论证，2003年由国务院批准晋升为国家级自然保护区，由此吉林龙湾国家级自然保护区将进入一个新的发展历史时期。